세종 이도가 거하는 경복궁내 집현전에 숙직을 서던 학사 허담이 시신을 발견되는 사건이 발생합니다.
왕이 거하는 궁에서 발생한 사건이라 모두들 사건에 대해서 입을 다물게 하고 은밀하게 조사를 진행하게 합니다.
이때, 김종서의 천거로 새로 겸사복이 된 "강채윤"이 집현전을 조사하다가 그만 내금위에게 딱 걸립니다.
강채윤은 학사 허담과 북방의 무관 고인설을 죽인 자가 동일인물이라는 주장을 합니다.
강채윤은 범인이 무관 고인설에게서 학사 허담에게 전해진 의문의 꾸러미때문에 두사람을 죽였다고 생각합니다.
이에 세종 이도는 공식적으로 강채윤을 학사 허담 사건을 수사하도록 명령을 내립니다.
그러자 강채윤은 자신이 사건을 해결하면 어사주를 받고 싶다는 소망을 말합니다.
강채윤이 그런 소망을 말하는데에는 그만한 이유가 있습니다.

강채윤은 한직골 세종 이도의 장인인 심온 대감댁의 노비 "똘복이"었습니다.
그에게는 지능이 모자란 석삼이라는 아버지가 있었는데 모자란 탓에 툭하면 남들에게 놀림감이 되곤 했습니다.
똘복이에게는 그것이 가장 참을 수 없었습니다. 그래서 되든 안되든 무조건 아버지를 놀린 자들을 혼내주곤 했습니다.
하지만 외척세력을 견재하려는 태종 이방원에 의해 심온 대감은 역적으로 처형되고 노비들마저 죽음을 당합니다.
오직 똘복이만 의금부 옥사에서 탈옥해서 세종 이도의 도움으로 무사히 살아남지만 그 사실을 알지 못한 똘복이는
아버지와 가족이라고 할 수 있는 사람들의 죽음에 왕의 명령이 있었다는 걸 알고는 깊은 원한을 갖게 됩니다.
똘복이는 그렇게 먼 북방까지 흘러들어가 여진족들과 싸우는 병사가 되고 김종서 장군의 눈에 들고
"강채윤"이라는 이름까지 얻어 궁에서 일하는 겸사복까지 되었습니다. 오직 왕에게 복수하겠다는 일념으로 말입니다.

그는 세삼 정기준이 자신에게 했던 "넌 아무것도 할 수 없어."라는 말을 곱씹어 봅니다.
그의 말대로 왕이 되어서도 그는 아무것도 할 수 없었습니다. 아니 무얼 하려고 해도 뜻대로 되지 않았습니다.
하지만 심온의 사건으로 "똘복이"를 만난 뒤로 그는 자신이 가야 할 길을, 자신이 펼칠 정치를 깨닫고는
태종 이방원과는 다른 문(文)의 길을 걸어갑니다.
하지만 그 길을 함께 가기를 희망했던 정기준과는 정기준의 아버지, 정도광의 죽음으로 영영 만나지 못한 채
그와는 함께 하지 못합니다. 하지만 이도는 그 대신 "집현전"이라는 자신의 세력을 만드는데 성공합니다.

그리고는 세종 이도에게는 가장 중요한 이 시기에 집현전 학사들을 죽이며 그 존재를 드러냅니다.
지금 세종 이도는 자신의 치세 중에서 가장 위대한 업적이 될 새로운 글자의 창제에 몰두하고 있었습니다.
그리고는 집현전 학사들에게 은밀하게 이와 관련된 명령을 내려 여러나라의 글자를 수집하고 있었습니다.
하지만 정작 그 일에 동원된 집현전 학사들도 자신이 무슨 일을 하고 있는지 아는 자는 극히 드물었습니다.

이도는 궁 안에서 신료들을 설득하여 반포하는데 온 힘을 기울이고
글자 창제를 돕던 소이를 비롯한 나인들은 궁 밖에서 글자를 유포하는데 온 힘을 기울입니다.

<뿌리깊은 나무>는 세종대왕의 훈민정음 창제라는 역사적 사건을 가지고 작가 이정명이 만든 또하나의 이야기입니다.
드라마에 등장하는 정기준, 무휼, 강채윤, 소이는 허구의 인물입니다.
그리고 드라마에서는 "자신의 길"이라는 주제를 다루고 있습니다.
누구나 자기 인생의 길은 외로이 걸어가야만 합니다. 때로는 흔들리고 주저앉고 싶을 때도 있습니다.
세종 이도 역시 마찬가지입니다. 자신이 나아가야 할 길에 대해 갈피를 못 잡던 시절도 있었습니다.
자신이 선택한 길이 결코 평탄한 길도 아니고 스스로도 평탄하게 가려고도 하지 않습니다.
또한 자신이 아끼는 신하들의 죽음이 자신의 책임이라며 자신의 길을 괴로워하기도 합니다.
하지만 이도는 똘복이, 강채윤을 통해 자신의 길을 극명하게 바라봅니다.
강채윤이 자신의 길을 가듯이 그도 왕이라는 자신의 길을 가기로 합니다.
무사 무휼 또한 자신이 선택한 자신의 길을, 정기준 또한 자신이 선택한 자신의 길을 각자 걸어갑니다.
하지만 그 길이 올바른 길이라고만 할 수도 없습니다. 그 길 끝에 성공이 있다고도 할 수 없습니다.
누구는 그 길을 걷는데 실패하고 누구는 성공하고 누구는 새로운 길을 찾아 다시 걷기도 합니다.